home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ SPACE 2 / SPACE - Library 2 - Volume 1.iso / apps / 659 / ms073a / molsys.txt < prev    next >
Text File  |  1992-06-15  |  39KB  |  731 lines
  1. New features since MolSys v0.68 -----------------------------------------------
  2.  
  3. *    Load and save individual molecule fragments
  4. *    Saves GEM image files
  5. *    MultiSys™     - Up to 8 independent molecule fragments at once
  6.             - Create, copy, join, break and delete fragments
  7.             - Global or individual manipulation and display
  8. *    Set ball and stick size and thickness
  9. *    New atom types    - Ionized oxygen, phosphorous and sulphur
  10. *    New functional groups
  11.             - Benzene ring and phosphoric acid
  12. *    Multiple delete command
  13. *    Preliminary animation feature
  14.             - Animate from disk or from memory
  15. *    Installation program
  16.             - Set default values and atom display types
  17.  
  18. *    Calculate van der Waals energy
  19. *    Find minimum conformational energy
  20. *    Display van der Waals and covalent surfaces
  21. *    Display fragment names
  22.  
  23. -------------------------------------------------------------------------------
  24.  
  25.             Preliminary Manual for MolSys v0.73
  26.  
  27. -------------------------------------------------------------------------------
  28.  
  29. © June 1992 Helion Graphics. Written by Robert Mellish & Howard Jones.
  30.  
  31. MolSys v0.73 is shareware and may not be distributed for profit or without 
  32. this text file. All source code, text files and file formats remain 
  33. copyright Helion Graphics. The programmers make no claim for accuracy or 
  34. fitness of purpose for MolSys or any of its related files and documentation.
  35.  
  36. About MolSys ------------------------------------------------------------------
  37.  
  38. MolSys is a molecular modelling package for the Atari ST. It requires a
  39. mono monitor but should run irrespective of memory size. It was developed
  40. from MolView v2.5, MolBuild v0.7 and MolScript v0.1. These programs were
  41. inspired by a PC program written by Alan Mynett and published in the 
  42. October 1987 edition of Personal Computer World.
  43. MolSys is powerful, but quick and easy to learn and use, and is capable of
  44. directly printing output or producing files which may be imported into DTP
  45. packages for inclusion in documents. 
  46. MolSys was written using the Lattice C V5 development package from HiSoft.
  47.  
  48. Limitations of Version 0.73 ---------------------------------------------------
  49.  
  50. MolSys v0.73 contains only a limited animation function, and is also limited to
  51. a maximum of 100 atoms and 16 molecule fragments in memory at one time. To
  52. register for the latest version of MolSys, see the section at the end of this
  53. file. Please register if you like MolSys, and especially if you intend to use
  54. it for any serious work. Registering will encourage me to produce future
  55. versions with more features.
  56.  
  57. Changes From Previous Versions ------------------------------------------------
  58.  
  59. If you have used MolSys before, it will be necessary to re-install MolSys as
  60. the format of the MOLSYS.INF file has changed. More importantly, the format
  61. of MLS (molecule fragment) files has also changed, and so it is necessary to
  62. convert any you have made with previous versions of MolSys into the new format.
  63. This can be done with the supplied program MS_4_5.TTP. See its accompaning text
  64. file for instructions.
  65.   
  66. Installing MolSys -------------------------------------------------------------
  67.  
  68. Configuration of MolSys is done via the MOLSYS.INF file. This file is best
  69. edited by using the supplied installation program, MSI. The supplied INF
  70. file should allow you to run MolSys without need for further installation.
  71. Just double click on MOLSYS.PRG to begin. If you later want to adapt the
  72. installation, follow the instructions below.
  73. You should first copy the MOLSYS.PRG, MOLSYS.RSC, MOLSYS.INF, SYSTEM.FNT,
  74. MSI.PRG and MSI.RSC into the same folder, then double click on MSI.PRG.
  75. After the credit dialogue, you are presented with a menu which allows
  76. you to access a series of dialogue boxes containing options and default
  77. values which you may change.
  78. The first dialogue is the main options. The first editable field is the
  79. file path of the resource file. Normally, this will just be '\', which
  80. will cause the program to search in the current directory. Note that if
  81. the resource file cannot be found, the program will abort.
  82. The second field is the file path and name of the 16x8 screen font to be used
  83. by MolSys. (Usually 'SYSTEM.FNT'). This path and name will also be used when
  84. MolSys loads the replacement 8x8 screen font, but with the extender '.FN8'
  85. substituted (i.e. 'SYSTEM.FN8'). These are optional, and the replacement fonts
  86. will not be used if the 'disabled' button is highlighted. These fonts are
  87. Harlekin format screen fonts.
  88. The third field is the default path of the molecule fragment files.
  89. The forth field is maximum number of atoms which may be added to the
  90. molecule. In this version of MolSys, this number cannot be set greater
  91. than 100. If you register, you will receive a version where the maximum
  92. number of atoms is limited only by available memory. On a 'clean' 520ST
  93. this value can be up to about 3000, which should be adequate for most
  94. purposes. By decreasing this number, it is possible to make more memory
  95. available for animation, ramdisks, print spoolers, desk accessories etc.
  96. The second dialogue is the default values dialogue. This allows the setting
  97. of the default translation distance, rotation angle, zoom level, size of
  98. spheres in reduced size mode and size of sticks in stickmode 3 (thick).
  99. The third dialogue allows the setting of the type of shading used to display 
  100. the various atom types. Clicking on an atom displays the type of shading used.
  101. Click on a shading type to change the display of the selected atom type to
  102. that shade. Note their are two other options which can be changed, 'Colour
  103. Shade' and 'Colour', which control the display of atoms for the colour version
  104. of MolSys. As the colour version is not yet available, these options currently
  105. have no effect.
  106. Clicking on 'Save and Exit' saves the MOLSYS.INF file and exits the program.
  107. Clicking on just 'Exit' exits without saving the file. 
  108.  
  109. Running MolSys ----------------------------------------------------------------
  110.  
  111. The file MOLSYS.INF should be in the current directory when MOLSYS.PRG
  112. is run, i.e. in the same directory as MOLSYS.PRG. On running, the program will
  113. attempt to load MOLSYS.INF and the resource file. If these files cannot be
  114. found the program will abort. It will then attempt to load the fonts, and then
  115. allocate memory for screen buffers and variables. If the program runs out of
  116. memory on loading, try decreasing the maximum number of atoms set.
  117.  
  118. Overview of Terms Used in MolSys ----------------------------------------------
  119.  
  120. In MolSys, a molecule consists of a number of sites and atoms. Atoms are shown
  121. by their chemical symbol (e.g. C,H,O,Cl etc.) and sites are shown by a number
  122. between 0 and 3. Sites are the only place where atoms may be placed. The type
  123. of site shows the type of atoms which may be placed there, 0 means all atoms,
  124. and 1,2 or 3 means only singly, doubly or triply bonded atoms. One of these
  125. sites or atoms will be the current (or marked) site or atom. In build mode,
  126. this site or atom will have a diamond-shaped marker placed around it. If
  127. stick mode is on, bonds between sites and atoms are shown by lines. 
  128. A collection of sites and atoms bonded together forms a molecule fragment.
  129. The fragments currently in memory can be shown on the fragment selector
  130. (see below), where the visibility of fragments can be turned on or off.
  131. One of these fragments will be the current fragment, and its title will appear
  132. at the top of the display. Note that the current fragment does not necessarily
  133. have to contain the current atom. The current fragment is the one on which
  134. normally all manipulations are made.
  135. Throughout MolSys, all distances are expressed in nanometres (1E-9 metres),
  136. and all angles in degrees.
  137.  
  138. Selecting Functions in MolSys ------------------------------------------------
  139.  
  140. When a function icon is selected (or the corresponding keyboard shortcut is
  141. pressed), the icon may invert, which means that further input is required.
  142. For functions such as the freehand rotate and move controls, the mouse cursor
  143. will change to an open hand, and the mouse moved to manipulate the molecule.
  144. For functions such as rotate bond and measure bond angle, the cursor will
  145. change to a cross and one or more atoms may be required to be selected.
  146. For all these functions, pressing the right mouse button will exit or cancel
  147. the function.
  148.  
  149. Dialogues in MolSys -----------------------------------------------------------
  150.  
  151. Certain dialogue boxes in MolSys show a small diamond in the upper right hand
  152. corner. Clicking on this allows you to drag the dialogue around the screen to
  153. see the screen beneath. The position you leave the dialogue in when you exit
  154. it will be the position it will subsequently reappear in when you next invoke
  155. the function.
  156.  
  157. Using MolSys ------------------------------------------------------------------
  158.  
  159. Once loaded, the program will show a bank of icons down the left side,
  160. and a large blank area on the right. At the top of this area is the title
  161. bar. Click on this bar to produce a dialogue allowing you to change the title
  162. of the current molecule fragment. This title will change if the current
  163. fragment is changed. In the middle of the blank area will be a small zero.
  164. This is the place in which the first atom will appear, see the build section
  165. below.
  166. Four functions are available under the File menu option. These are:
  167.  
  168. New:        Clears all the current molecules.
  169. Load:        Loads a molecule fragment.
  170. Save:        Saves the current molecule fragment.
  171. Quit:        Quits the program.
  172.  
  173. All of these functions except quit are available using the File icon bank, see
  174. below.
  175.  
  176. At the top of the icon bank are three large icons, with the leftmost high-
  177. lighted. Clicking on one of these selects one the three icon banks which 
  178. allow control of the program. These are:
  179.  
  180. Move/Display:    These icons allow the molecule to be translated, rotated
  181.         and displayed with various options.
  182. Build:        Controls the building of molecules, deletion of atoms,
  183.         measurement of distances and angles and changing of
  184.         these values. Note that when build mode is active,
  185.         the current atom is shown with a diamond shaped marker.
  186. File:        Controls the loading, saving and animation of molecules,
  187.         saving and printing of screenshots, allows access to the
  188.         molecule selector and controls miscellaneous functions such
  189.         as New and Help.
  190.  
  191. For each of the three banks, the function of the icons, from left to right
  192. are given below.
  193.  
  194.  
  195. The Move/Display Icons --------------------------------------------------------
  196.  
  197. Global:        Toggles global mode on and off. With global mode on,
  198.         translations and rotations effect all the visible molecule
  199.         fragments. With global off, transformations only effect the
  200.         current molecule. The default setting is off.
  201.         
  202. Translation:    The  6 filled arrow icons move the molecule in the direction
  203.         shown by the arrow by a set distance.
  204.  
  205. Zoom out/in:    Zooms the display in and out. Double click on either to set
  206.         the zoom level to normal.
  207.  
  208. Rotation:    The 6 open arrows rotate the molecule around the current 
  209.         centre of rotation by a set angle. Double clicking on these
  210.         icons causes the molecule to rotate around the marked atom.
  211.  
  212. Set distance:    Sets the distance the molecule is moved by the translation
  213.         controls. The default value is 0.01 nm.
  214.  
  215. Set angle:    Sets the angle that is used for rotation with the rotation
  216.         controls. The default value is 10°.
  217.  
  218. Freehand move:    Moves the molecule with the mouse. Moving the mouse in any
  219.         direction starts the model moving in that direction in the
  220.         X-Y plane. Note that movements are cumulative, so that the
  221.         further you move the mouse, the faster the molecule moves.
  222.         Press the left button to halt the molecule, the right
  223.         button to exit freehand move.
  224. Freehand
  225. rotate:        Rotates the molecule in the direction the mouse moves.
  226.         Press the left button to stop, right to exit.
  227. Translate
  228. to atom:    Click on an atom with the left button to centre the atom
  229.         on the screen - this also makes it the centre of rotation.
  230.         Press the right button to cancel.
  231. Centre 
  232. molecule:    Centres the molecule on the screen. Rotation centre is now
  233.         the average position of all the atoms. Note that if global
  234.         mode is off, only the current fragment is centred.
  235.  
  236. Ball:        Toggle space filling ball display. Note that ball display
  237.         drastically slows down the program, and should not be
  238.         used when rotating or moving the molecule.
  239.  
  240. Stick:        Toggle stick display. With stick display on, bonds are
  241.         shown as lines between atoms, drawn with the current
  242.         stick mode. Note that if Ball mode is also active,
  243.         only the portion of the bond outside the ball is drawn.
  244.  
  245. Label:        Toggle label display. Prints the chemical symbol on each
  246.         atom when on, and also prints the site type on each site.
  247.  
  248. Hide hydrogens:    Toggle the display of hydrogen atoms. With this mode on,
  249.         hydrogen atoms and bonds to hydrogen are not shown.
  250.  
  251. Ball size:    Toggles between the full and the reduced size of space
  252.         filling spheres. Double clicking on this icon calls up
  253.         a dialogue which allows you to change the percentage size
  254.         of the spheres and the thickness of the bonds in
  255.         stickmode 3 (thick) which is displayed when reduced size
  256.         is selected. Use the arrows to change the values up or down.
  257.  
  258. Stick modes:    Four stick display modes at the bottom of the icon bank.
  259.         The first is thin mode, with all bonds drawn as single
  260.         width lines. The second mode is depth cueing, and shows
  261.         bonds between atoms close to the viewer as thicker lines,
  262.         which helps when rotating the molecule. The third mode
  263.         is thick mode, which shows thick bonds scaled according
  264.         to perspective. The fourth is typed mode, which shows
  265.         single bonds as thin lines, and double and triple bonds
  266.         as thicker lines.
  267.         
  268. Fragment Names:    With this mode on, all visible fragments will have their names
  269.         superimposed on them, allowing easy identification.
  270.  
  271. The Build Icons ---------------------------------------------------------------
  272.  
  273. Add atom:    Eighteen types of atom are shown, which when clicked will be
  274.         added at the current site, shown with the diamond-shaped
  275.         marker. This marker (only shown in build mode) may be
  276.         repositioned by clicking near to an atom on the display
  277.         screen. For each icon, the type of atoms is shown (carbon,
  278.         hydrogen, oxygen, nitrogen, fluorine, chlorine, bromine,
  279.         phosphorous, sulphur) together with its bonds. Single bonds
  280.         are shown with a hyphen (-), or a greater-than (>) or less-
  281.         than (<) sign in the case of two single bonds, or a greater-
  282.         than-or-equal-to (≥) in the case of three single bonds. Double
  283.         bonds are shown as equal signs (=) or much-less-than («) signs
  284.         for two double bonds, and triple bonds as equivalence signs
  285.         (≡). See section 'Building molecules', below.
  286.         
  287. Add group:    Nine common functional groups are shown (benzene, OH, CN, CH3,
  288.         CH2, CO, NH2, PO2HO and COOH) which will be added to the
  289.         current site if clicked upon. Note that these groups may not
  290.         be used to start a molecule, i.e. they cannot be added to a
  291.         site type of zero.
  292.  
  293. Make:        Joins two molecule fragments together. The marked atom must be
  294.         a site, and after selecting this icon, click on another site
  295.         of the same type in a different molecule fragment. This second
  296.         fragment will be joined to the first fragment at the marked
  297.         atom.
  298.         
  299. Break:        Breaks a molecule into two fragments. Clicking on an atom
  300.         bonded to the marked atom splits the molecule into two
  301.         fragments across the bond.
  302.  
  303. Make current:    Clicking on this icon makes the molecule fragment containing
  304.         the current atom to be the current fragment. The title bar at
  305.         the top of the display will change to reflect this, and a box
  306.         will flash to show the current fragment.
  307.                 
  308. Delete:        Deletes the currently marked atom. Note that only atoms
  309.         which are only attached to one other atom may be deleted
  310.         (i.e. all other attached sites must be empty). So to delete
  311.         a CH3 group, the hydrogens must be deleted before the carbon
  312.         atom can be deleted. Also, to delete a ring structure, the
  313.         whole ring must be deleted at once with a multiple delete
  314.         command.
  315. Multiple
  316. Delete:        Clicking on an atom bonded to the marked atom deletes all the
  317.         atoms connected to that side of the marker. The atoms which
  318.         will be deleted are shown crossed out and confirmation is
  319.         asked for before the atoms are deleted.
  320.  
  321. Rotate bond:    Rotates part of a molecule along a bond. Click on an atom
  322.         which is bonded to the marked atom. (Right button to cancel.)
  323.         A dialogue appears which allows you to type in the angle to
  324.         rotate the part of the molecule which is bonded to the marked 
  325.         atom. Click on plus or minus to set the direction, and then
  326.         click on OK or Cancel. Alternatively, you may click on
  327.         Freehand, which allows you to move the mouse up and down to
  328.         rotate along the bond. Press the left button to stop rotating
  329.         and the right to exit. Note that this will temporarily change
  330.         the display mode to stick mode 2. Note however that for large
  331.         molecules, the freehand function is not recommended.
  332.  
  333. Set bond angle:    Sets the angle between two bonds of the marked atom. Click on
  334.         two atoms which are bonded to the marked atom. (Note that the
  335.         atoms bonded to the second atom selected will be the ones
  336.         which are moved.) A dialogue appears with the angle between
  337.         the bonds at the marked atom. Change this value and click on
  338.         OK to set, or Cancel to abort the function. Note that you
  339.         cannot set any angles in a ring structure.
  340. Set bond
  341. length:        Sets the length of a bond. Click on an atom bonded to the
  342.         marked atom. A dialogue appears which shows the current
  343.         length of this bond. Change this value and click on OK to
  344.         set, or Cancel to abort the function. Note that you cannot
  345.         set any lengths in a ring structure.
  346.                 
  347. Torsion angle:    The torsion angle of a row of atoms A-B-C-D is the apparent
  348.         angle between bonds A-B and C-D when looking down the axis B-C.
  349.         Click on three atoms bonded in a chain with the first connected
  350.         to the marked atom. The marked atom corresponds to A, the
  351.         first selected to B and so on. A dialogue appears with the
  352.         torsion angle. Clicking on 'Align' will set the torsion angle
  353.         to zero (i.e. align atoms A and D) if this does not involve
  354.         rotating a bond in a ring structure.
  355.  
  356. Bond angle:    Click on two atoms, not necessarily bonded to the marked atom.
  357.         A dialogue appears with the angle between these two atoms at
  358.         the marked atom.
  359.  
  360. Length:        Click on an atom. A dialogue appears with the distance (in
  361.         nanometers) from this atom to the marked atom.
  362.  
  363. Auto distance:    Bond lenths in MolSys are calculated from the covalent radii
  364.         of the atoms, which does not always give the correct value.
  365.         With auto distance on, bond distances when adding atoms are
  366.         automatically calculated. With it off, when atoms are added
  367.         a dialogue appears which shows the computers choice for the
  368.         bond distance (in nm), which may be changed to a different
  369.         value. Press OK to add the atom, or Cancel to abort the
  370.         add. Note that auto distance defaults to on.
  371. Minimize
  372. energy:        Molecules may be rotated around bonds to minimize their van
  373.         der Waals energy (see below). Clicking on an atom bonded to
  374.         the marked atom sets the axis for rotation, and then in the
  375.         resulting dialogue you can set the total angle to rotate by
  376.         and the number of steps for which the energy will be
  377.         calculated. The total angle will normally be 360°, but other
  378.         angles may be specified if necessary. The Global button
  379.         selects whether the energy calculations will be carried out
  380.         for the current fragment or all the fragments in memory.
  381.         After calculation, a graph is displayed of energy against
  382.         rotation angle. The minimum energy position found is shown
  383.         with a dotted vertical line, and this will be the position
  384.         the molecule is rotated into.
  385.         The calculation of the minimum energy position may take a
  386.         very long time even with small molecules, so the number of
  387.         steps should be chosen to be low.
  388.  
  389. The File Icons ----------------------------------------------------------------
  390.  
  391. Load:        Loads a .MLS file from disk. The loaded file becomes a new
  392.         fragment, and is placed in the same position as when it was
  393.         saved.
  394.  
  395. Save:        Saves the current fragment as a .MLS file to disk.
  396.  
  397. Molecule fragment
  398. selector:    Shows a dialogue which lists all the molecule fragments
  399.         currently built. The current fragment may be changed by the
  400.         buttons on the left, and the fragments visible may be changed
  401.         by selecting the buttons on the right. Clicking on a fragment
  402.         title allows you to change it's name. Clicking on create will
  403.         create a new fragment at the centre of the display (a site
  404.         type 0) and makes this the current site and fragment. Clicking
  405.         on delete deletes the whole of the current fragment. Note that
  406.         if there is only one fragment left, this cannot be deleted.
  407.         Copy makes a copy of the current fragment 0.25 nm to the left
  408.         (-x direction) of the original. Load and Save perform the same
  409.         operation as those icons on the File bank, see above.
  410.         Click on OK to exit this dialogue.
  411.  
  412. Calculate van der Waals
  413. energy:        The energy of a molecule may be calculated from the energies
  414.         of interactions between its atoms. The interactions between
  415.         non-bonded atoms are called van der Waals forces, and the
  416.         energy-seperation relationship caused by these forces is
  417.         called the Lennard-Jones 6-12 potential. The form of this
  418.         potential gives a prefered seperation distance between atoms,
  419.         which is called the van der Waals radius of the atom.
  420.         This function calculates the energy of the current fragment
  421.         by summing the energies of interaction of its atoms. The more
  422.         atoms in a molecule, the longer this will take. About 30
  423.         seconds is necessary to calculate the energy of a 100-atom
  424.         molecule. If Global mode is on, the energy of interaction
  425.         between atoms in different fragments is also calculated.
  426.         After calculation, the energy is displayed in kilocalories per
  427.         mole. This is the standard unit for conformational energy
  428.         calculations. 
  429.          
  430. Super view:    Shows a full screen display of the molecule with the current
  431.         display settings. Clicking the mouse produces a menu which
  432.         allows the printing of the display or saving it as a Degas
  433.         (.PI3) or GEM image (.IMG) file to disk.
  434.  
  435. Animate:    The animation facility in available version 0.73 is only a
  436.         subset of the full implimentation which will be available
  437.         in future versions. However, the current version is fully
  438.         usable and is comparable with animation features of other
  439.         molecular modelling packages. An animation may be output
  440.         in two ways, either by saving a series of Degas pictures
  441.         to disk for playback with SHOW.TTP, or (if you have enough
  442.         memory) by writing the screens to memory for playback inside
  443.         MolSys. In the produced dialogue, these two options may be
  444.         selected by the 'Degas' and 'Memory' buttons. By the side of
  445.         the Memory button, the number of available screens is shown.
  446.         This value will be dependent upon the memory size of your
  447.         computer, the number of atoms set in MOLSYS.INF and whether
  448.         you have any desk accessories resident. The number of screens
  449.         available on a 520 or 1040ST is unlikely to be enough for
  450.         smooth animations, but on a 2 or 4Mb ST you may be able to
  451.         have over 50 frames in an animation. The program will not let
  452.         you try to run a memory animation with insurficient memory
  453.         available. In this case, you must use a Degas animation
  454.         instead. The three buttons 'Play','Clear' and 'Save' will
  455.         be disabled when you first use the animation option, and are
  456.         described below.
  457.         At the top of the dialogue box, the path where degas screens
  458.         will be saved is shown. Next to the 'Degas' option button,
  459.         the name of the files is shown. These fields may be edited
  460.         in the usual way, and the path may also be set with the
  461.         'Set Path' button. The produced files will take the name
  462.         'path\name.001','path\name.002' etc.
  463.         The direction of movement of the molecule is shown. Click
  464.         on an icon to set the direction. (Note that the rotate bond
  465.         icon is not currently available.) The angle of rotation at
  466.         each step can be edited, as can the number of steps to save
  467.         to memory or disk. Clicking on 'Set to Cycle' sets the angle
  468.         field such that one complete revolution will take place in
  469.         the number of steps shown. 'Global' sets whether all molecule
  470.         fragments are to be moved, or just the current molecule.
  471.         Now clicking on 'Cancel' aborts the animation, or 'OK' starts
  472.         it. If you are performing a Degas animation, a dialogue shows
  473.         the free space needed on the disk the files will be written
  474.         to. Click on 'Cancel' to abort, or 'OK' to continue.
  475.         The screen will now draw each frame of the animation, which
  476.         may take some time. At each step, the screen will be written
  477.         to memory or disk. If you have selected Memory animation, a
  478.         dialogue appears showing the controls of the playback.
  479.         Clicking on 'OK' shows the memory-saved screens in sequence,
  480.         looping round at the end. Use the [+] and [-] keys on the
  481.         main keyboard or the keypad to increase or decrease the speed
  482.         of playback. Pressing [SPACE] exits the animation.
  483.         If you have used the Degas animation option, you may now
  484.         use the SHOW.TTP program the show your saved frames. Read the
  485.         SHOW.TXT file for instructions of use.
  486.         If you have used the memory animation function, on re-entering
  487.         the Animate dialogue, three more options are available.
  488.         'Play' replays the animation, 'Clear' erases the animation
  489.         and 'Save' writes the stored animation to disk as a series of
  490.         Degas files, using the same file path and name as those set
  491.         for Degas animations.
  492.         
  493. New:        Clears all the current molecules.
  494.  
  495. Help:        Toggles the help messages which are shown during certain
  496.         operations at the bottom of the display area. Help mode
  497.         also enables the display of certain error messages.
  498.         Default is on. Double clicking on this icon brings up
  499.         a list of keyboard shortcuts. Click the mouse to exit.
  500. Install
  501. printer:    Sets the port and resolution of the printer for printing the
  502.         screen.
  503.                 
  504. Blank 2:    In v0.73, creates a file in the current directory called
  505.         MOLSYS.LOG, which is used for testing purposes.
  506.  
  507. Show surface:    This function allows the showing of the effective 'surface' of
  508.         a molecule as a 3D dot pattern. In the resulting dialogue, the
  509.         pitch of the dots can be selected, which is the seperation, in
  510.         degrees, between points on the sphere of the atom. The smaller
  511.         the pitch, the more dots displayed and the longer it takes to
  512.         display them. The visibility of the molecule can also be
  513.         selected. This shows whether the normal display of the molecule
  514.         will be shown on top of the dot display. The selection of van
  515.         der Waals or covalent radii chooses which of these radii to
  516.         display the atoms with. After showing the display, which may
  517.         take a long time if the dot density is high or the number of
  518.         atoms in the molecule is large, the picture can be printed or
  519.         saved as for the Super View feature.
  520.         
  521. Keyboard Shorcuts -------------------------------------------------------------
  522.  
  523. Certain functions may be used via a key press irrespective of the currently
  524. selected icon bank. See above for a description of the functions. Also, some
  525. icons have small letters in the bottom right, which give the keyboard shortcut
  526. for that function.
  527.  
  528. Key                Function
  529.  
  530. [LEFT],[RIGHT],
  531. [UP],[DOWN],
  532. [INS],[CLR]:    Rotate the model, as for rotate icons.
  533. Keypad[4],[5],[8],[5],
  534. [7],[9]:    Rotate the model around the marked atom.
  535. [SHIFT]+[LEFT],[RIGHT],
  536. [UP],[DOWN],
  537. [INS],[CLR]:    Translate the model, as for translate icons.
  538. [SPACE]:    Toggle between Move/Display,Build and File icon banks.
  539. [HELP]:        Shows a list of keyboard shortcuts.
  540. [S]:        Toggle stick mode.
  541. [B]:        Toggle ball mode.
  542. [L]:        Toggle labelling.
  543. [1],[2],
  544. [3],[4]:    Set stick mode to thin, depth cue, thick or typed.
  545. [H]:        Toggle hide hydrogens.
  546. [Z]:        Toggle ball size.
  547. [C]:        Centre molecule.
  548. [T]:        Translate to atom.
  549. [DELETE]:    Deletes the marked atom.
  550. Keypad[+],
  551. Keypad[-]:    Zoom display in or out.
  552. Keypad[*]:    Set zoom to normal.
  553. [M]:        Engage freehand move mode.
  554. [R]:        Engage freehand rotate mode.
  555. [G]:        Toggles global mode on and off.
  556. [N]:        Toggles fragment names on and off.
  557. [CTRL]+[C]:    Creates a new fragment in the centre of the screen, 
  558.         and makes this the current atom and fragment.
  559. [CTRL]+[D]:    Deletes the current fragment.
  560. [CTRL]+[S]:    Saves the current fragment to disk.
  561. [CTRL]+[L]:    Loads a fragment from disk.
  562. [CTRL]+[X]:    Copies the current fragment.
  563. [TAB]:        Changes the current fragment by cycling through all
  564.         the fragments.
  565. [RETURN]:    Makes the fragment containg the current atom to be the
  566.         current fragment. (Only available in build mode.)
  567. [ESC]:        Renames the current fragment.
  568. [ENTER]:    Invokes MultiSys™ fragment selector.
  569. [UNDO]:        Quit MolSys.
  570. [F1],[F2],[F3]:    Set display types to useful defaults.
  571.  
  572. Note that a list of keyboard shortcuts can be displayed by double clicking on
  573. the 'Help' icon, or by pressing the [HELP] key.
  574.  
  575. Renaming Molecules ------------------------------------------------------------
  576.  
  577. When renaming molecule fragments (by clicking on the title bar, pressing [ESC]
  578. or through the molecule selector), it is possible to include the greek letters
  579. alpha, beta, epsilon, gamma, lambda, omega, pi, sigma and tau in the name by
  580. typing '\' then 'a','b','e','g','l','o','p','s' or 't'. If you require the '\'
  581. symbol in the name of a molecule, type two backslashes '\\'. Note that some
  582. letters are only available in the supplied fonts, and will be displayed as 
  583. Hebrew characters if you are using the normal screen fonts.
  584. When a new fragment is created, it is automatically named 'Untitled'. This is
  585. also the name given to a fragment created with the Break Bond function. When
  586. using the Make Bond function, the amalgamated fragment takes on the name of the
  587. fragment containing the marked atom. Turning fragment names on gives a
  588. continuous update of the names of all the visible fragments.
  589.  
  590. Building Molecules ------------------------------------------------------------
  591.  
  592. The procedure for building molecules is not as flexible as some systems, but is
  593. quick and easy to learn and very quick to use, and requires no knowledge of
  594. bond lengths or angles. It is recommended that you turn on the labelling and
  595. stick modes and turn off ball display mode before you attempt to build a
  596. molecule.
  597. On entering build mode for the first time (click on the icon, or press space),
  598. a zero surrounded by a diamond can be seen in the middle of the display area.
  599. This zero is a 'Site'. Sites are the only place which atoms may be added in
  600. MolSys. The diamond is the marker of the current atom or site. If there is more
  601. than one site or atom on screen, clicking on the display area in build mode
  602. sets the marker to the nearest atom or site. (Double clicking will also make
  603. the fragment this atom is in the current fragment.) The zero means this is a
  604. special type of site, as any atom can be added there. Clicking on an atom icon
  605. (e.g. '>C=') will place that type of atom at the zero site, and add more sites
  606. to the display. In this case, it will add three: two '1's and a '2'. These
  607. numbers represent the type of bond possible between the atom the site is bonded
  608. to and any atom you may subsequently place at the site. Note that this atom
  609. must have at least one bond of the correct type, e.g. only '>C=','=O' '=N-'
  610. '≥P=' and '>S«' atoms can be added at a type 2 site, and only '≡C-' and '≡N'
  611. atoms can be added at a type 3 site. Adding further atoms may produce more
  612. sites where more atoms can be bonded. It may be necessary to scale or rotate
  613. the molecule during the course of building it. This is more conveniently done
  614. with keyboard shortcuts than by switching to the Move/Display icon bank.
  615. Groups are added a similar way, except that the may only be added to type 1
  616. sites. Clicking on a group icon adds that group to the molecule at the 
  617. current site. Note that groups or atoms may not be added to a site which
  618. is of the incorrect type, or when an atom is marked. The program will also
  619. not allow you to add more atoms than is set in the configuration file.
  620.  
  621. Example of Building a Molecule ------------------------------------------------
  622.  
  623. Turn on the stick and labelling modes, and turn off ball mode. Press [1],[2]
  624. or [4] to get the sticks displayed in a useful mode. Click on New (in the
  625. File icons, or under the File menu.)  Click on Build mode. Press keypad[*] and
  626. then [C]: if it was not already there, a zero surrounded by a diamond will
  627. appear in the centre of the display area. Click on '>C<': The zero will be
  628. replaced by a 'C' and four lines ending in '1's will appear. Click on each '1'
  629. in turn and add hydrogens ('-H') to the first three and a carboxyl group
  630. ('-COOH') to the fourth. Click on the title bar at the top of the display area
  631. and type '[ESC]Ethanoic Acid[RETURN]'. You have made your first molecule with
  632. MolSys! Enjoy!
  633.  
  634. A More Complex Example --------------------------------------------------------
  635.  
  636. Taking the molecule built above, making sure you are in build mode, delete one
  637. of the hydrogens bonded to the main carbon by selecting it and clicking delete:
  638. the 'H' will be replaced by a '1'. Now move the molecule off to one side with
  639. the translate icons or keys, so that it no longer covers the centre of the
  640. display. Now press [CTRL]+[C]: This creates a new molecule fragment and a '0'
  641. will appear in the centre of the screen, and will become the current site. Note
  642. also that the title bar changes to 'Untitled', the title of the new fragment. 
  643. Now click on '>N-' to place a nitrogen atom at the new site, and replace two of
  644. the three created sites with hydrogens by clicking on each one of them in turn
  645. and clicking '-H'. Rotate the nitrogen about a bit using the cursor keys - note
  646. that, if global mode is off, the ethanoic acid molecule will not move. Make the
  647. final '1' site the current atom by clicking on it, and then click on 'Make':
  648. The icon will highlight and the cursor will change to a cross. Click now on the
  649. '1' in the ethanoic acid molecule you moved off to the side earlier. The
  650. molecule will become bonded to the nitrogen atom at the centre of the screen.
  651. Click on the title bar and type '[ESC]Glycine[RETURN]'. You have just made a
  652. model of glycine, the simplest amino acid.
  653.  
  654. Tips --------------------------------------------------------------------------
  655.  
  656. When displaying molecules, the best display mode is ball mode on, stick mode 3
  657. (thick) and reduced size mode. (This can be set by pressing [F2].)
  658. Try adjusting the ball and stick size and thickness (double click on the size
  659. icon) to find the best ratio. Because ball mode slows down the program so
  660. much, it is best to switch it off when rotating or moving the molecule. Using
  661. stickmode 2 (depth cue) gives a better feeling of orientation when rotating.
  662. When using freehand move, rotate or rotate bond functions, move the mouse
  663. by small amounts to keep control. When doing a freehand move, remember that 
  664. mouse movements are cumulative. Use the left button to halt the fragment if
  665. it starts moving too fast.
  666. When building, it is best to turn labelling on so as to see the site types, and
  667. stickmode 4 to see the bond types. 
  668.  
  669. Bugs --------------------------------------------------------------------------
  670.  
  671. The one major bug in MolSys is the failure of the build function to align
  672. double-bonded atoms correctly. This may be done manually by finding the torsion
  673. angle and using the 'align' feature to rotate along the double bond until the
  674. atoms are correctly aligned.
  675. This will be done automatically in future versions.
  676. If you find any bugs in MolSys, please contact me at the address below.
  677. Finders of major bugs (that I don't already know about) will be registered for
  678. free!
  679.  
  680. Features of Future Versions ---------------------------------------------------
  681.  
  682. Features currently under development include:
  683.  
  684. *    Colour version (Real Soon Now!)
  685. *    Save .GEM metafiles (If I can find a META.SYS driver somewhere...)
  686. *    Use Degas Elite printer drivers to dump screens
  687. *    Use GDOS printer drivers to dump screens (very dodgy!)
  688. *    Expanded on-line help
  689. *    Macro clipboard from memory
  690.             - Common ring and other groups included with program
  691. *    Conversion program to convert MolView (.MOL), Brookhaven Protein
  692.     Databank (.PDB) and M.J.Forster's Molgraph (.CRD) files to MolSys
  693.     readable format
  694. *    Extended animate feature
  695.             - Multiple step rotate, translate and build
  696.             - Save and load script files
  697.             - Save as Degas screens or animate from memory
  698.             - Compacted file format option for more screens from
  699.               less memory
  700. *    Large screen monitor support
  701.  
  702. Information -------------------------------------------------------------------
  703.  
  704. Future versions of MolSys will continue to be released into the Public Domain,
  705. but unlimited versions will only be available by registering. Please send me a
  706. cheque/P.O. for £10.00 to the address below, made payable to Robert Mellish.
  707. You will receive the latest (unlimited) version of the program, future
  708. upgrades and (maybe- no guarantees) a printed manual. A copy of the C source
  709. code is also available to registered users. If you have any comments,
  710. recommendations or ideas for MolSys, please write to tell me, even if you
  711. don't want to register. I would especially like ideas for new features which
  712. I may implement in future versions of the program.
  713.  
  714. Robert Mellish,
  715. Westbury, Ranelagh Drive,
  716. Bracknell, Berkshire.
  717. RG12 3DA
  718. UK
  719.  
  720. Tel:(0344) 428171
  721.  
  722. Remember, MolSys is the best molecular modelling system on the ST!
  723.  
  724. -------------------------------------------------------------------------------
  725. (If you can't afford £10, that's OK. Send me what you can, or just write to
  726. me. I always like to hear from users, so drop me a line at the address above
  727. if you have any comments. I will send you the latest version (with the 100
  728. atom limit still in) if you send me a disk and postage.)
  729. -------------------------------------------------------------------------------
  730.  
  731. Robert Mellish, Helion Graphics, 15/06/92 MolSys v0.73